Po likwidacji Biblioteki w 1948 roku i przejęciu jej księgozbioru przez liczne instytucje z terenu Polski, broń ze zbrojowni przeniesiono do innego obiektu na terenie zespołu pocysterskiego, do tzw. Długiego Domu. Stało się to prawdopodobnie w 1949 lub 1950 roku.
W nowym miejscu, na całym drugim piętrze ulokowano ekspozycje militarne. W tym czasie całe pierwsze piętro zajmowały zbiory przyrodnicze. Po upaństwowieniu wszystkich zbiorów w Polsce w 1950 roku, w Warszawie zapadły decyzje, że w ówczesnych Cieplicach Śląskich Zdroju, powinno powstać, na bazie istniejących tam kolekcji nieco ogołocone już wcześniej przez Warszawę i Wrocław, Muzeum Przyrodnicze. Inne bardzo cenne muzealia zgodnie z tą decyzją powinny zasilić większe polskie muzea historyczne.
W tej sprawie w kwietniu 1952 roku, odbyło się w Cieplicach spotkanie dyrektorów zainteresowanych muzeów z przedstawicielami Ministra Kultury i Sztuki. Uzgodniono, że:
1. Muzeum Narodowemu w Poznaniu miały przypaść militaria ( bez broni łowieckiej) i nielicznej ,,broni zabytkowej , potrzebnej do wyposażenia wnętrz wawelskich”.
2. Państwowym Zbiorom Sztuki na Wawelu przypadały ,,rząd turecki na konia i obiekty z odsieczy wiedeńskiej oraz niektóra broń zabytkowa”.
3. Państwowemu Muzeum Zoologicznemu oraz Instytutowi Zoologii i Antropologii w Warszawie obiekty przyrodnicze nie związane z terenem Śląska ( prawdopodobnie w tym była jedna z największych w Europie kolekcja kolibrów).
4. Tworzącemu się Muzeum Łowieckiemu w Warszawie miały przypaść dublety broni i akcesoriów myśliwskich ( pojedyncze egzemplarze miały być eksponowane w przyszłości w Muzeum Przyrodniczym w Cieplicach Śląskich Zdroju ).
5. Państwowy Dolnośląski Teatr w Jeleniej Górze ( dzisiejszy teatr im. C.K. Norwida) miał otrzymać kilka egzemplarzy broni ,, nie zabytkowej” ( dla spisującego była to XIX. i XX. wieczna broń palna i biała).
Każdy z obdarowanych zabrał swoją część jeszcze do końca 1952 roku. Ostatnie egzemplarze broni myśliwskiej pozostawione w cieplickim muzeum , na jego własną prośbę, w drugiej połowie lat 60. XX wieku przejęło Muzeum Śląskie we Wrocławiu ( dzisiaj Muzeum Narodowe).
W ten sposób przestała istnieć piękna i bogato wyposażona zbrojownia Schaffgotschów. Czas zatarł ślady i wyleczył rany. Stopniowo mieszkańcy Cieplic, a później Jeleniej Góry zapominali o tych cennych kolekcjach. Tylko najstarsi przypominali sobie, że jako dzieci widzieli po wojnie w cieplickim muzeum: miecze, szable, kusze i zbroje. Utrwaliła się wizja Muzeum Przyrodniczego w Cieplicach Śląskich Zdroju jako instytucji, która była tu zawsze i tylko ze zbiorami przyrodniczymi. O dawnych ,,nieprzyrodniczych” zbiorach Schaffgotschów starano się zapomnieć i zatrzeć po nich ślady. Prowadzona po pięćdziesięciu latach kwerenda przez Muzeum Przyrodnicze w Jeleniej Górze , mająca na celu wyjaśnienie, gdzie dzisiaj znajdują się dawne cieplickie zbiory będące chlubą Biblioteki Majorackiej wyjaśniła wiele faktów z tym związanych. Ogólnie można powiedzieć, że zbrojownia trafiła w te miejsca, które ustalono w kwietniu 1952 roku. Muzeum Łowiectwa posiada do dzisiaj nieliczne egzemplarze palnej broni myśliwskiej. Ponad 80 egzemplarzy zabytkowej broni myśliwskiej znajduje się w Muzeum Narodowym we Wrocławiu. Na Wawelu przechowywane jest 15 elementów tureckiego oporządzenia jeźdźca zdobyte pod Wiedniem w 1683 roku. Największa część zbrojowni trafiła, jak ustalono, do Muzeum Narodowego w Poznaniu. Dzisiaj znajduje się tam 280 jej egzemplarzy, w tym: szpady, szable, rapiery, strzelby, sztucery, arkebuzy, muszkiety, karabiny, tarcze, hełmy, strzemiona, pistolety, szpontony, halabardy, lance, armatki, łuki i kusze.
Wg ustaleń z 1952 roku, broń związana z odsieczą Wiednia w 1683 roku miał w całości przejąć Wawel. Jak się dzisiaj okazuje, tak się nie stało, spora część tego uzbrojenia trafiła do Poznania. Znajdują się tam m.in.: jatagany (broń biała turecka), tarcza tatarska (kałkan) , tarcza turecka i perska (Sipar), łuki i buńczuk tatarski.
Czy było to niedopatrzenie, że broń ta nie trafiła na Wawel? Czy było to celowe działanie? Tego w chwili obecnej nie wiemy. Pewne jest, że w 1683 roku sprzymierzeni po zdobyciu obozu tureckiego pod Wiedniem podzieli między sobą łupy, a część z nich za sprawą Schaffgotscha trafiła do Cieplic. Pewne jest też to, że prawie 300 lat później (w 1952 roku ) nastąpił drugi podział wiedeńskich łupów, „zdobytych” tym razem w Muzeum w Cieplicach Śląskich Zdroju, między Muzeum Narodowe w Poznaniu i Wawel. Ogólnie stwierdzić należy, że najwięcej okazów zdobyczy wiedeńskich, przede wszystkim broni jakie znajdują się w różnych instytucjach na terenie Polski, są to obiekty pochodzące ze zbiorów Schaffgotschów z Cieplic.
